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事情次第ですが、返還請求の裁判を先行させる方が無難なことが多いです。

預金から引き落とされたお金の請求を裁判でした場合、相手方の反論の１つとして「被相続人からもらった（贈与を受けた）」という主張もあり得ます。
本当に被相続人が贈与したのであれば、裁判での金銭請求（不当利得返還請求・損害賠償請求）自体は認められないことになります。
他方で、贈与の事実が認められれば、その相続人は生前に特別受益があったことになるので、遺産分割での取り分は少なくなります。
しかし、遺産分割を先に済ませてしまうと、金銭請求の裁判で贈与が認められた場合でも遺産分割のやり直しは認められない可能性も高いです。
したがって、返還請求の裁判を先行させ、少なくとも相手方の言い分をはっきりさせてから遺産分割の手続を進める方が無難です。