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ローンも借金なので、不動産と借金は別々の財産と考えて財産分与を計算しますが、オーバーローンの不動産及び借金を除外して計算することもあります。また、借金（債務）の名義変更はできないことから結果的に不均衡になることもあります。

１　具体的事例に則した検討
最終的には判断が異なる場合もあり得ますが、一般的な考えに基づいて検討します。

(1) オーバーローンだが、全体としては債務超過でない場合など他の財産がそれなりにある場合
（夫名義の財産）
不動産　評価額1500万円
ローン　　残額2000万円
預金　　　　　　800万円
（妻名義の財産）
預金　　　　　　700万円

こういった場合の扱いとしては、①全ての財産を通算して計算する場合と、②オーバーローンの財産を除外して計算する場合があります。

①の方法だと、夫婦の財産総額は1000万円となるので、これを２分の１ずつ分けると、それぞれ500万円ずつになります。したがって、夫が不動産を取得し住宅ローンを負担するので、各自が自己名義の預金をそのまま取得し、妻から夫に200万円支払うことになります。
②の方法だと、オーバーローンの不動産及び負債を除外した夫婦の財産総額は1500万円で、これを２分の１ずつ分けると、それぞれ750万円ずつになります。したがって、夫が夫から妻に150万円支払うことになります。

通算方式によるか非通算方式によるかは、オーバーローン以外の物件以外に相当の財産があるか（本来はローンの早期返済も可能だったか）、当該物件が収益のために使用されているか居住用か（収益用なら収益でローンを返済すればよい）、などの諸事情で判断されます。

(2) オーバーローンで、全体として債務超過の場合
（夫名義の財産）
不動産　評価額3000万円
ローン　　残額4000万円
（妻名義の財産）
なし

夫婦の財産総額はマイナス1000万円となる。
こういった場合に、夫が妻にマイナス1000万円の半分である500万円の分担を求められるかというのは、一般的には否定される。

２　妻が住宅ローンの連帯保証人になっている場合や連帯債務になっている場合
(1) 妻が連帯保証人になっている場合
上記の事例で妻が連帯保証人になっているような場合、その点をどう考慮すべきかも問題になります。
これについては、夫がこれまで住宅ローンを滞りなく返済しており、今後も夫が同不動産に居住し、住宅ローンの返済を続ける蓋然性が高く、夫の返済能力も特段問題ないようなケースであれば、妻が住宅ローンを負担する現実的可能性は小さいものとして、特に考慮しないと見込まれます。
そういった事情がないケースでは悩ましい状態と言え、一義的にどうなるとは言えません。
(2) 妻が連帯債務者になっている場合
妻が連帯債務者になっている場合も同様ですが、この場合は、審判・判決のときは、裁判所が内部的な負担割合としては妻の負担は０であると判断することもあります。